海岸海洋科学系是在中国科学院院士任美锷教授和中国科学院院士王颖教授一手创建和培育下逐步发展起来的，最早可追溯到1963年js6666zs金沙登录地理系6名专职科研人员成立的海岸研究组，仅有简单的显微镜、沉积物粒度分析，及海上测深、测流和采样设备，应国家海港建设的需要，进行海岸动力地貌调查研究。1983年扩展为海洋地貌与沉积研究室，10名专职科研人员，在从事国内教学和科研的同时，逐步走向了国际化。1986年，联合气象系、生物系、地质系和法学方面的力量建立“js6666zs金沙登录海洋科学中心”，多学科交叉、联合从事海洋研究。1988年，获加拿大国际发展研究中心（IDRC）的科学援助，购置和扩充海洋设备，建成初具规模的海岸实验室和210Pb定年实验室。1990年通过世行贷款，建成由海岸带勘测、实验分析、信息集成与模拟三个系列构成的“海岸与海岛开发国家试点实验室”（State Pilot Laboratory of Coast & Island Exploitation），属国家计委、国家教委（现在的教育部）及自然科学基金委领导，后改制由国家科委领导。2000年被审批为教育部重点实验室。2006年5月正式成立海岸海洋科学系，次年开始招收海洋科学专业本科生。2008年9月，申请江苏省海岸与海岛开发重点实验室获得批准。2012年5月在原海洋科学中心的基础上，联合校内相关涉海研究力量，扩建成立js6666zs金沙登录海洋科学研究院。2012年7月成立了以本系教师为骨干的“南海资源环境与海疆权益研究”平台，该平台是js6666zs金沙登录首批获得教育部批准成立的“中国南海研究协同创新中心”的八大研究平台之一，王颖院士担任中心主任。该中心是首批国家级协同创新中心，也是国内迄今为止唯一一个涉海的国家级协同创新中心。
海岸海洋科学系现有教职人员28名，包括教授8名、副教授7名、讲师、专职科研人员及博士后研究人员10名，高级工程师1名，工程师2名。其中，中国科学院院士1名、教育部长江学者奖励计划特聘教授1名、国家杰出青年基金获得者3名、国家优秀青年基金获得者1名、教育部新世纪优秀人才2名、江苏省“333人才工程”入选者4名、海洋局系统优秀科技青年人才1名、js6666zs金沙登录登峰计划（B）入选者1名。
经过半个多世纪的发展，海岸海洋科学系已形成以海陆过渡带—海岸带、大陆架、大陆坡和大陆隆及海岛为特色研究区的多个主要研究方向，包括海岸海洋地貌与沉积、沉积物输运与堆积过程的沉积动力学研究、海洋生物地球化学和生态系统动力过程、极地海洋环境与全球变化等。此外，通过沿海港口选址、岸线与航道稳定性和环境生态研究，积极为我国沿海及江苏省海洋战略提供决策咨询；通过中科院院士咨询项目“南海资源环境和海疆权益”的研究与“中国南海研究协同创新中心”所属的“南海资源环境与海疆权益研究平台”的工作，形成“海岛、资源和海疆权益”新的特色，积极发挥“智库”作用，为维护国家海疆权益提供科学依据。
目前，海岸海洋科学系拥有海洋科学一级学科江苏省重点学科、海洋地质学和海岸海洋科学2个博士点，海洋地质学和海岸海洋科学2个硕士点，海洋科学博士后流动站1个，以及自然地理学国家重点学科—海岸海洋方向。拥有江苏省高等学校优秀科技创新团队以及教育部海家局高校学科创新引智计划（111计划）基地。国内外学术交流活跃，2011年至2016年已主办了10次全球性、地区性、双边和全国性学术会议，80余人次参加国际学术会议，到国际知名海洋机构/大学讲学、访问和合作。担任Marine Geology, Geo-Marine Letters, Continental Shelf Research等重要国际学术期刊的编委。
2011年至2016年，承担80余项国家和省部级重要科研项目，包括主持1项科技部重大科学研究计划项目“扬子大三角洲演化与陆海交互作用过程及效应研究”（首席科学家和承担单位）、3项国家自然科学基金重点项目、1项国家杰出青年基金、4项海洋局等行业公益性项目、20项国家自然科学基金项目、4项江苏省科技计划项目（重大和重点各1项）。在海洋地质学重要期刊Marine Geology、Nature Index期刊（如Journal of Geophysical Research, Earth and Planetary Science Letters 等）、I区期刊如Climate Dynamics、Environmental Science &Technology以及Essential Science Indicators高被引论文方面均有突破；特别是，2014年大陆学者以第一作者在Marine Geology上共发表了12篇论文，其中4篇来自本系研究团队。
人才培养方面较早推行本科生导师制。与英国Southampton 大学和加拿大Dalhousie大学签署海洋科学人才培养的合作协议，2011年至2016年，先后有10名研究生和3名本科生赴海外高校参加联合培养。2012年起，与国家海洋局第一、第二海洋研究所签订协议，联合培养硕士和博士研究生。
重视教学实习基地的建设，已在海南岛建立了“js6666zs金沙登录海洋科学人才培养教学基地”。2005年与江苏盐城国家级珍禽自然保护区签订协议，建立了“江苏盐城海岸湿地生态与环境动力观测站”。2016建立“江苏南通如东—js6666zs金沙登录海洋科学人才野外教学实习基地”。
海洋科学是21世纪的战略科学，相比于人类对太空的探索，人类“下海”和“入地”的能力还远远没有发挥出来。党和国家高度重视海洋的发展，“海洋强国建设”和“一带一路”战略正在稳步推进。海岸海洋科学系将肩负起历史的使命，以培养宽阔的国际视野、扎实的专业基础、善于独立思考和科研能力强的人才为目标，努力为国家培养从事海岸海洋科学研究的高层次专业人才。